O CISMETRO é mantido com recursos oriundos dos municípios consorciados, de acordo com um Contrato de Rateio definido anualmente , a fim de cobrir despesas administrativas fixas, nominada como Cota Fixa.
Para as despesas de contratação de serviços, cada município, de acordo com suas receitas orçamentárias, é responsável pelo pagamento da proporcionalidade de serviços contratados, chamada de Cota Variável.